越点越快是因为每点击一次就执行一个定时器，按理说你在按钮上加了一个clearInterval，先清除是不会出现这种情况的。

我的解决思路是在点击事件上加一个状态（抽象成一个开关），在打开状态下不能再进行点击（或者点击没有作用）。

var swi = "off";

var Start = function () {

    if (swi === "off"){    // 判断开关状态，关着的话可以点击开始闪烁

        init = setInterval("flashing()",1000);

    }

    swi = "on";    // 打开开关

};

var Stop = function () {

    clearInterval(init);     // 清除定时器

    for (var i = 0; i < box.length; i ++){    // 循环遍历每个盒子，将背景颜色清除

        box[i].style.backgroundColor = "";

    }

    swi = "off";    // 关闭开关

};